ในพื้นที่ตำบลจะแหน เป็นพื้นที่ราบลุ่ม ในอดีตชาวบ้านที่เริ่มตั้งถิ่นฐานในพื้นที่นี้ มีอาชีพทำนาเป็นส่วนใหญ่ และมีชาวไทยมุสลิมคนหนึ่ง ชื่อว่า โต๊ะจะแหน มาตั้งถิ่นฐานเป็นคนแรก และมีอาชีพทำนาเป็นที่รู้กันโดยทั่วไป ว่าพื้นที่บริเวณที่ตั้งตำบลนาจะแหนปัจจุบัน คือ ที่นาของโต๊ะจะแหน ต่อมาจึงเพี้ยนเป็น "นาจะแหน" และเมื่อตั้งเป็นชื่อตำบลก็เหลือเพียง ชื่อตำบลจะแหนถึงปัจจุบันจึงได้จัดตั้งเป็นจากสภาตำบลจะแหน จนกระทั่งยกฐานะเป็น องค์การบริหารส่วนตำบลเมื่อ วันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2540 มีเขตการปกครองออกเป็น 5 หมู่บ้าน ประกอบด้วย
หมู่ที่ 1 บ้านคอลอมุดอ
หมู่ที่ 2 บ้านตราย
หมู่ที่ 3 บ้านวังโอะ
หมู่ที่ 4 บ้านมุนี
หมู่ที่ 5 บ้านนาจะแหน